Las normas penales militares que se aplicaban para el Ejército y la Armada de Chile desde la implementación de la Ordenanza General del Ejército, de 25 de abril de 1839, y sus modificaciones, tenían prácticamente un uso uniforme para ambas instituciones castrenses. Esto se sostuvo hasta el año 1926, toda vez que mediante Decreto Ley N° 806, de 23 de diciembre de 1925, se aprobó el Código de Justicia Militar, comenzando a regir el 01 de marzo de 1926. Sin embargo, este nuevo texto legal no consideró su aplicación a la Armada, lo que se mantuvo hasta el 30 de octubre de 1927. Con fecha 04 de octubre de 1927 y mediante Decreto con Fuerza de Ley N° 1.983, el Legislador dispuso hacer extensivo a la Marina de Guerra el Código de Justicia Militar a contar desde el 31 de octubre del citado año, y en su artículo 9° señala que habrá una Corte Marcial para la Marina de guerra, que tendrá su asiento en Santiago. La misma norma instauró que su composición sería la siguiente:
- Dos Ministros de la Corte de Apelaciones de Santiago.
- Dos Jefes de Marina del grado de Almirante o Capitán de Navío.
- El Auditor General de Marina.
Por medio de la Ley N° 5.209, de 09 de agosto de 1933, se creó una Corte Marcial para la Marina de Guerra, la que tendrá su asiento en Valparaíso, compuesta por:
- Dos Ministros de la Corte de Apelaciones de Valparaíso (El más antiguo preside la Corte Marcial).
- Un Oficial de Marina del grado de Almirante a Capitán de Navío, en servicio activo o en retiro.
- El Auditor General de Marina.
Los Ministros de la Corte de Apelaciones de Valparaíso eran designados anualmente por sorteo entre sus miembros, el primer día hábil de cada año. Respecto al Oficial de Marina, era nombrado por el Presidente de la República.
El Decreto Ley N° 1.769, de 30 de abril de 1977, en su artículo 1° (N° 36.), reemplazó el artículo 48 del Código de Justicia Militar, incluyendo, en este cuerpo normativo, a la Corte Marcial de la Armada. Asimismo, cabe destacar que a partir la modificación de la citada norma, se cambió la denominación del tribunal, esto es, de Corte Marcial para la Marina de Guerra por Corte Marcial de la Armada, manteniendo su sede en la ciudad de Valparaíso, específicamente en el Palacio de Tribunales de Justicia.
La Ley N° 18.431, de 23 de agosto de 1985, entre otras disposiciones, suprimió la expresión “en retiro” para el Ministro Oficial de Marina, quedando la siguiente composición, vigente hasta hoy:
- Dos Ministros de la Corte de Apelaciones de Valparaíso (El más antiguo preside la Corte Marcial).
- Un Oficial General en servicio activo.
- El Auditor General de la Armada.
La Ley N° 19.655, de 21 de diciembre de 1999, modificó la duración en el cargo de Ministros de las Cortes Marciales, en relación con los Ministros de Corte de Apelaciones, a tres años.
En relación con las actuales dependencias de la Corte Marcial de la Armada, con asiento en el piso 3 y ½ del edificio Palacio de Tribunales de Valparaíso, fueron inauguradas el 17 de agosto del año 1968. Previo a la fecha mencionada, hay constancia, en un Acta de Pleno de esta Corte Marcial, de fecha 25 de septiembre de 1933, de la instalación por primera vez de este Tribunal de Alzada, en la primera sala de la Corte de Apelaciones de Valparaíso, donde se tomaron los primeros acuerdos para dar ejecución a este Tribunal castrense en la ciudad de Valparaíso.